آقای احمد مطهری ۱۲ جلد نسخه خطی، به موزه و مرکز اسناد دانشگاه اصفهان اهداء نمود. نسخه های خطی اهدایی، میراث به جا مانده از آقای عباس مطهری، پدر و پدربزرگ آقای احمد مطهری است.
کتاب دررالثمین تألیف میرزا اسدالله ثقه المحدثین المطهری؛
کتاب اسلوب اللغه و محبوب الفئه تألیف سید اسدالله ثقه المحدثین المطهری؛
کتاب وسیله النجاة ترجمه کتاب لهوف نوشته حاج سید حسن بن محمد الموسوی القاشانی (سلطان الواعظین)؛
کتاب روح الارواح و بهجه الاشباح تألیف حسن بن محمد الموسوی القاشانی (سلطان الواعظین)؛
کتاب حجه البالغه لاصحاب الیمین تألیف حسن بن محمد الموسوی القاشانی (سلطان الواعظین)؛
کتاب منهج الواعظین و مسلک الراشدین تألیف حسن بن محمد الموسوی القاشانی (سلطان الواعظین)؛
کتاب مستطاب منهج الواعظین تألیف حسن بن محمد الموسوی القاشانی (سلطان الواعظین)؛
کتاب مستطاب: السراج الوهاج فی المعراج تألیف میرزا اسدالله ثقه المحدثین الکاشانی در باب مقتل و روضه خوانی؛
کتاب نجاة الخانقین تألیف حاج حسن ابن محمد الموسوی نسخه کاملی از مصائب امام حسین (ع)؛
کتاب مستطاب المسّمی به نجاة الخافقین تألیف حسن بن محمد الموسوی القاشانی در باب اخبار، مصائب و احادیث حضرت امام حسین (ع)؛
کتاب بدر الثمین فی نفع المؤمنین شامل چهارصد مجلس و منبر مجموعه ای مختصر از کتب و آثار متعدد که توسط مرحوم میرزا اسدالله ثقه المحدثین در سنین جوانی برای مرحوم عباس مطهری تهیه نموده است.
